在涉及婚姻关系结束时，农村自建房的分割问题常常成为双方争议的焦点。处理农村自建房离婚分割问题需要综合考虑多方面因素，不同的分割方式也会对双方权益产生不同的影响。
首先，需要明确农村自建房的产权归属。一般来说，农村自建房的产权与宅基地使用权紧密相关。如果自建房是在夫妻婚姻关系存续期间建造的，且夫妻双方都是该集体经济组织成员，那么该房屋通常属于夫妻共同财产。若建房时一方父母有出资，需要根据具体情况判断出资是赠与还是借贷。如果是赠与，需明确是赠与夫妻双方还是一方。
常见的农村自建房离婚分割方式主要有以下几种。第一种是实物分割。当房屋可以进行物理分割且不影响其使用功能时，双方可以按照一定比例对房屋进行分割。例如，将房屋按照房间数量或面积进行划分，各自拥有相应部分的产权。这种分割方式的优点是双方可以直接获得房屋的一部分，继续使用该房屋。但缺点也很明显，如果双方仍然居住在同一屋檐下，可能会产生新的矛盾，而且在实际操作中，有些房屋结构可能不适合进行物理分割。
第二种是折价补偿。一方获得房屋的所有权，同时按照房屋的市场价值或评估价值，给予另一方相应的经济补偿。这种方式适用于一方希望继续居住在该房屋，而另一方愿意接受经济补偿的情况。对于获得房屋所有权的一方来说，可以继续使用和管理房屋，但需要承担支付补偿款的经济压力。对于获得补偿款的一方，虽然失去了房屋的居住权，但能得到一定的经济补偿，可用于其他方面的投资或生活。
第三种是变价分割。将农村自建房进行出售，双方按照一定比例分配出售所得款项。这种方式可以避免双方因房屋问题产生后续纠纷，且能快速实现财产的分割。然而，农村自建房的交易受到一定限制，其出售对象通常只能是本集体经济组织成员，这可能会影响房屋的出售价格和出售速度。
下面通过表格对比不同分割方式对双方权益的影响：
分割方式 对获得房屋一方的影响 对获得补偿或款项一方的影响 实物分割 可继续使用房屋部分，但可能与对方产生居住矛盾 获得房屋部分产权，可自主使用，但可能面临居住不便 折价补偿 拥有完整房屋产权，但需承担经济补偿压力 失去房屋居住权，但获得经济补偿可灵活支配 变价分割 失去房屋，但可快速获得资金分配 失去房屋，但可快速获得资金分配在处理农村自建房离婚分割问题时，双方应尽量通过协商解决，充分考虑自身和对方的实际需求和权益。如果协商不成，可以寻求法律途径，由法院根据具体情况进行公正的判决。同时，由于农村自建房涉及宅基地等特殊问题，在处理分割问题时，还需要遵循相关的法律法规和当地的政策规定。